2023年7月，国家发展改革委办公厅、国家卫生健康委办公厅、国家中医药局综合司联合印发《第五批国家区域医疗中心项目名单》，广州医科大学附属第一医院横琴医院(简称广医一院横琴医院)入选第五批国家区域医疗中心项目名单。这是横琴粤澳深度合作区的第一个国家区域医疗中心，输出医院是广州医科大学附属第一医院。
2024年1月1日，广州医科大学附属第一医院全面接管横琴医院，从管理、医疗、科研、教学等全方位进行“平移”，特别是把优质医疗资源下沉，呼吸科、胸外科、重症医学科、泌尿外科、中医科等多个“王牌科室”团队进驻广医一院横琴医院，建立以呼吸相关疾病为主体的病区，大力发展微创技术、腔镜技术，推进日间诊疗、日间手术、日间化疗，建立高效的运营体系，立足横琴粤澳深度合作区、辐射粤港澳大湾区及东南亚地区广医一院横琴医院国家区域医疗中心建设项目，位于合作区中部地区，总占地面积6万平方米，总建筑面积约19.1万平方米，编制床位500张，远期规划床位1500张，总投资额约27.2亿元人民币，在横琴粤澳深度合作区的大力支持下，新院区项目建设如期推进。项目于2020年9月奠基，2024年9月主体封顶，预计2026年底建成，2027年初投入使用。将建设成为集医疗、科研、教学、预防、管理于一体的三级甲等综合性公立医院。广医一院横琴医院国家区域医疗中心建设项目建成后，广州医科大学附属第一医院横琴医院的两个院区同时使用，同步进行营业。
